Wysiadywanie i opieka nad młodymi Jaja wysiadywane są przez okres około 42–45 dni. Gdy dorosłe ptaki je opuszczają, przykrywają jaja, a gdy są młode, to kładą na nie gałązki, co ma chronić je przed drapieżnikami. Młode wykluwają się w odstępach kilkudniowych. Te słabsze i młodsze często jest zjadane przez starsze pisklę lub ginie z głodu. Pisklęta opuszczają gniazdo po ponad 2 miesiącach – po 60–70 dniach są samodzielne. thumb|250px|Orzeł cesarski w niewoli

Pożywienie Małe i średniej wielkości ssaki, padlina, nawet gdy jest już mocno rozłożona, a również gady, duże owady i ptaki oraz ich pisklęta, które lęgną się na ziemi. Poluje na otwartych przestrzeniach, preferując niziny. Ofiar wypatruje w czasie swojego krążącego lotu patrolowego lub też chodząc po ziemi. Łapie zwierzynę o rozmiarach właściwych dla swoich rozmiarów, np. gryzonie (susły i chomiki), dzikie króliki, zające, ptaki krukowate.

Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje orła cesarskiego za gatunek narażony (VU – Vulnerable) nieprzerwanie od 1994 roku. Liczebność światowej populacji szacuje się na 16–20 tysięcy dorosłych osobników.