Globalny trend liczebności populacji uznawany jest za spadkowy, choć liczebność populacji europejskiej rośnie.

W Polsce objęty ochroną gatunkową ścisłąRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Chroniony również w innych krajach, gdzie występuje. W Europie jest zagrożony wyginięciem, jego zasięg skurczył się. Jest pewną prawidłowością fakt, że wraz ze wzrostem działalności człowieka i jego wpływu na środowisko zmniejszała się liczebność populacji orłów. Na wielu obszarach orły wyginęły, na innych przenosiły się z nizin na bardziej niedostępne tereny górskie, gdzie niewielkie populacje przetrwały do dziś. W ostatnich dziesięcioleciach XX wieku rozpoczęto wdrażanie bardziej wzmożonej ochrony orłów, czego skutkiem jest wzrost ich liczby i wracanie na pierwotne obszary lęgowe. Najbardziej szkodzi mu niszczenie naturalnych siedlisk, obniżenie liczebności populacji małych ssaków oraz prześladowania ze strony człowieka.

Orzeł cesarski należy do tej grupy orłów, od których wziął się podziw