W tym czasie prowadził również ożywioną działalność publicystyczną, poprzez pisanie licznych artykułów, głównie do gazet wydawanych w Barcelonie. Rizal domagał się nadania Filipinom statusu jednej z równorzędnych prowincji kraju, prawa do reprezentacji w Parlamencie (Kortezy), zastąpienia hiszpańskich zakonników przez rodzimych księży, prawa do swobody zgromadzeń i wolności słowa oraz równości wobec prawa Hiszpanów i Filipińczyków.

Rizal powrócił na Filipiny w 1892 r. Dzięki jego wysiłkom udało się utworzyć pokojowe stowarzyszenie, o nazwie Liga Filipina, z siedzibą w Manili. Hiszpanie w reakcji na to deportowali go do Dapitan, w północnozachodniej części Mindanao. Rizal pozostawał na wygnaniu przez następne cztery lata. W 1896 doszło do wybuchu powstania przeciwko Hiszpanom, którego inicjatorem była organizacja Katipunan. Mimo że Rizal nie miał praktycznie żadnych kontaktów ze spiskowcami, ani nie żądał niepodległości dla Filipin, został aresztowany i był sądzony za podburzanie do buntu. Uznano go za winnego, wobec postawionych mu zarzutów i skazano na karę śmierci. Wyrok został wykonany w Manili poprzez rozstrzelanie. Jego śmierć przyczyniła się jeszcze bardziej do wzmożenia oporu filipińskiego wobec wojsk kolonialnych.