Reprezentowana przez Baskr al-Attasa Jemeńska Partia Socjalistyczna zajęła w wyborach przeprowadzonych w 1993 roku dopiero trzecie miejsce, co wzmogło napięcia polityczne. W konsekwencji al-Attas 21 maja 1994 ogłosił secesję dawnego Jemenu Południowego, co doprowadziło do wybuchu krótkiej wojny domowej (maj-lipiec 1994). Działania zbrojne zakończyły się 7 lipca 1994 zajęciem Adenu przez wojska północnojemeńskie (mówią inaczej zwycięstwem wojsk rządowych) i przywróceniem jedności państwa.
28 września 1994 uchwalono nową , przyjmując szariat jako podstawę systemu prawnego, a Salih został formalnie wybrany prezydentem na pięcioletnią kadencję. Północ, dysponując większym potencjałem demograficznym i politycznym, zdominowała struktury zjednoczonego państwa, a jednocześnie nie ustawał spór graniczny z Arabią Saudyjską. Napięcia nasiliły się po odkryciu złóż ropy naftowej w rejonie północnej granicy dawnego Jemenu Południowego, jednak w 1999 roku ostatecznie uregulowano przebieg granicy państwowej, wprowadzając czterdziestokilometrową strefę zdemilitaryzowaną.