W referendum przeprowadzonym w 2001 roku wyborcy zatwierdzili kolejną nowelizację konstytucji, która umożliwiła Salihowi dalsze sprawowanie funkcji prezydenta. Mimo dominującej pozycji Powszechnego Kongresu Ludowego na scenie politycznej, w kraju zaczęły działać ugrupowania fundamentalistów muzułmańskich, z których część utrzymywała kontakty z Osamą bin Ladenem. thumb|Uszkodzenie kadłuba USS „Cole” w wyniku ataku z 12 października 2000 roku W 2000 roku dwóch zamachowców samobójców powiązanych z jego siatką dokonało ataku na amerykański niszczyciel USS „Cole”, zacumowany w porcie w Adenie, w wyniku czego zginęło 17 członków załogi.
W polityce wewnętrznej dominującą rolę nadal odgrywa Powszechny Kongres Ludowy, który w wyborach parlamentarnych w kwietniu 2003 ponownie uzyskał większość bezwzględną miejsc. W wyborach prezydenckich 20 września 2006 dotychczasowy prezydent Ali Abd Allah Salih został wybrany z poparciem 77,2% na kolejną siedmioletnią kadencję.