W trakcie migracji i na zimowiskach może tworzyć zbiorowe noclegowiska. Skupia się wtedy do kilkunastu ptaków wykorzystujących różne platformy, np. kopce zbudowane z roślinnych szczątków. Przeważnie jednak spotykane są nocami w szuwarach, nad stawami rybnymi i na zarośniętych łąkach.
Okres lęgowy Toki Na polskie lęgowiska wraca w kwietniu. Błotniaki zbożowe prowadzą samotniczy tryb życia. Tylko w okresie rozrodczym mogą tworzyć ściślejsze związki, które po skończonym sezonie rozpadają się. W zdecydowanej większości to ptaki monogamiczne, ale przy dużej obfitości pokarmu może dochodzić do poligamii. Po przylocie samiec wykonuje swój widowiskowy lot tokowy. O wyborze partnera przez samicę decyduje też jej godowe karmienie. Zwykle to po nim dochodzi do kopulacji.
Gniazdo Na ziemi w gęstej roślinności budowane zwykle przez samicę. Tylko wyjątkowo gnieździ się w zbożu. Budowa zajmuje jej 10–15 dni. Przeważnie błotniaki zbożowe gniazdują pojedynczo, choć wyjątkowo zdarza się im tworzyć luźne skupiska.
Jaja thumb|250px|Jaja z kolekcji muzealnej W ciągu roku wyprowadza jeden lęg, składając w maju 4 do 6 jaj.