Krytyka i koniec thumb|Kaplica więzienna w więzieniu w HMP Lincoln – wysokie stalle uniemożliwiają więźniom kontakt podczas modlitwy Od lat 40. XIX w. zaczęła narastać krytyka systemu celkowego. Od początku problemem były wysokie koszty budowy, organizacji i prowadzenia takiego zakładu karnego. Zauważono, że reżim więzienny jest bardzo surowy. Absolutna izolacja powodowała problemy psychiczne wielu więźniów, apatię oraz bardzo dużą liczbę samobójstw. W Wielkiej Brytanii w kampanię przeciwko systemowi celkowemu zaangażowały się „The Times” oraz Charles Dickens (który był krytyczny wobec tej formy odbywania kary od czasu wizyty w więzieniu Eastern State Penitentiary w 1842). Doprowadziło to do zmian w więzieniach (np. Pentonville) i skrócenia wymiaru kary (do 12 miesięcy, potem do 9). Izolacja jako zasada polityki penitencjarnej została ostatecznie porzucona w angielskiej nowelizacji Prison Act z 1865, choć pojedyncze cele nadal pozostawały w użyciu. W Stanach Zjednoczonych za koniec systemu celkowego uznaje się rok 1866, kiedy ten system został porzucony w więzieniu w Eastern State Penitentiary. Już wcześniej nadmierna liczba więźniów doprowadziła do zmian w oryginalnym projekcie Havilanda. Bloki, które powinny pozostawać jednopoziomowe, wskutek przeludnienia zbudowano jako dwupoziomowe, co ułatwiło kontakty między więźniami.