Wicekrólestwo Nowej Hiszpanii rozpadło się w 1821 roku, a Salwador został włączony do utworzonego przez generała A. de Iturbide cesarstwa Meksyku. Po rozpadzie cesarstwa (1823) kraj przystąpił do Federacji Ameryki Środkowej. Prowincja Salwador uchwaliła konstytucję stanową 22 czerwca 1824 roku. Na prezydenta stanowego wybrano działacza niepodległościowego Juana Manuela Rodrígueza. Od czasów epoki kolonialnej istniała spora nieufność między elitami Salwadoru i Gwatemali. W roku 1827 wybucha wojna między rządem federalnym a Salwadorem. W 1830 roku doszło do ogłoszenia secesji. Secesja została zdławiona za pomocą wojska przez rząd federalny. Od początku kraju dochodziło do konfliktów z ludnością indiańską, w 1833 roku wybuchły powstania wśród Indian NonualcoCyberamérica, Historia de El Salvador.. W 1841 roku doszło do ponownego ogłoszenia niepodległości którą udało się tym razem utrzymać. W ciągu trzech następnych dekad Salwador pozostawał w stanie głębokiej niestabilności politycznej z powodu rywalizacji między liberałami a konserwatystami, konfliktów z krajami sąsiadującymi i braku poczucia tożsamości narodowej. Walka o władzę między dwiema wspomnianymi stronnictwami przybierała najostrzejsze formy, gdy strona będąca aktualnie w opozycji nie wahała się prosić o pomoc sąsiadów w celu obalenia rządu.