Przez to okres ten jest pełen powstań i rewolt, a w kraju stale utrzymuje się klimat wojny domowej. W Ameryce Środkowej liberałowie dążyli do uznania swobód obywatelskich, liberalizacji handlu, rozdziału Kościoła od państwa i bronili unii środkowoamerykańskiej. Z kolei konserwatyści dążyli do utrzymania wielu instytucji pochodzących z czasów kolonialnych, popierali szeroką współpracę państwa i Kościoła oraz dążyli do wzmocnienia niezależności każdego z krajów niegdyś tworzących Zjednoczone Prowincje. Od roku 1898 (dojście do władzy gen. Tomása Regalado) do 1931 r. panowała w polityce pewna stabilność. Prezydentura trafiała w ręce wielkich plantatorów kawy. Elita gospodarcza rządziła krajem, bezpośrednio przekazując sobie urząd prezydenta. Z polityką tą wiązało się znaczne uzależnienie od Stanów Zjednoczonych. Ten okres w historii Salwadoru jest znany jako kawowa republika. Reformy gospodarcze zwiększające wpływy oligarchii doprowadziły do licznych powstań chłopskich mających miejsce pod koniec XIX wieku.