Aktywność duszpasterska W 1902 r. objął stanowisko proboszcza Taszkentu i całego Turkiestanu. Budował kaplice i kościoły w takich miejscowościach, jak: Krasnowodsk, Kiził-Arwat, Merwa, Czardżaj, Buchara, Samarkanda, Kokanda, Margelan, Andyżan, Wierne, Kazalińsk, Aszchabad, Dżarkient, Termez i Taszkent, gdzie kilkutysięczna polska społeczność ufundowała kościół najszybciej. Kontrowersje związane z udziałem ks. Pranajtisa w procesie Bejlisa sprawiły, że powrócił do Petersburga, gdzie zmarł. Pogrzeb, po przewiezieniu ciała, odbył się 10 lutego 1917 r. w Taszkencie, trumnę z ciałem wmurowano w kościele, który zbudowałG. Lipson, Ksiądz Justyn Bonawentura Pranajtis organizator parafii turkiestańskiej, „Studia Polonijne”, 20, 1999, s. 142-143..
Proces Bejlisa W 1913 r. powołany jako biegły w procesie Bejlisa „Najpiękniejszy kościół w Azji Centralnej, kościół w Taszkencie zbudował ksiądz katolicki pochodzący ze środowiska litewsko-polskiego Justas Pranajtis, teolog z Akademii Duchownej w Petersburgu. Pokazał się z jak najgorszej strony w czasie słynnego procesu Bejlisa, któremu zarzucano rytualny mord dziecka chrześcijańskiego. Ksiądz Pranajtis występował na tym procesie jako teolog, który udowadniał, że istniały w judaizmie rytualne mordy.