Ten, który wykonał niesamowitą pracę misyjną w Azji Centralnej, faktycznie miał grubą teczkę w ochranie, carskiej policji politycznej. Najprawdopodobniej mieli go w ręku, skoro zgodził się na absurdalne, nade wszystko kompromitujące jego, ale i Kościół, zeznania w procesie. Ta teczka istnieje do dzisiaj w archiwum historycznym w Petersburgu, ale nikt z historyków jej nie zbadał. To nieporozumienie.”. Pranajtis twierdził, iż zamordowanie chłopca było rytuałem religijnym, co pokrywało się z ówczesną wiarą wielu Rosjan w to, iż Żydzi w swojej liturgii wykorzystują krew chrześcijan. Podczas procesu ujawniła się niewiedza Pranajtisa jako znawcy Talmudu. Zadawano mu pytania, co znaczą terminy hullin, erubin, Yebamot. Za każdym razem odpowiadał, że nie wie. Pranajtis twierdził także, że wszyscy papieże zawsze wierzyli w mordy rytualne. Pismo z Watykanu zadało temu kłamJulian Grzesik, Die Geschichte des Volkes, seine Zerstreuung und Sammlung Lublin 2016..

W 1916 r. po przyjeździe do Petersburga ciężko zachorował. Został umieszczony w szpitalu. Zmarł prawdopodobnie na skutek otruciaM.J. Juszczyński, Ksiądz Pranajtis i walka o Talmud, [w:] J. Pranajtis, Chrześcijanin w Talmudzie, wyd. 2, Instytut Wydawniczy Pro Fide, Warszawa 1937, s.