Wśród prac graficznych Łoskota dominowały kompozycje surrealistyczno-satyryczne (m.in. cykl Szarlatan, 1961-1969). Jako malarz podejmował przede wszystkim tematykę sakralną i liczne jego prace znalazły się w ponad 40 polskich kościołach. Był m.in. projektantem powojennych witraży z warszawskiej archikatedry św. Jana Chrzciciela, wykonawcą polichromii oraz projektantem witraży w kościele seminaryjnym w Ołtarzewie, a także polichromii w kościele pw. Przemienienia Pańskiego i św. Antoniego Padewskiego w Wisznicach. Zbigniew Łoskot był też autorem witraży i stacji drogi krzyżowej w starym kościele w Dolinie Miłosierdzia w Częstochowie, fresków w kościele parafialnym w Rosochatem Kościelnem, mozaiki w kościele św. Teresy w Warszawie-Włochach, kompozycji ceramicznych w kościele św. Andrzeja Boboli w Szczecinie, fresków, witraży i mozaiki na fasadzie kościoła parafialnego w Otwocku, witraży w kościele św. Wojciecha w Warszawie.