Krótko po Universal Migrator w sprzedaży ukazał się album Ayreonauts Only skierowany głównie do fanów muzyki Ayreon. Był to nietypowy album kompilacyjny zawierający wydane wcześniej utwory w innych wersjach (z innymi wokalistami lub nieco innym instrumentalium), utwory nagrane w wersji demo, oraz utwór Ashes który promował najnowszy, nadchodzący projekt Arjena pod nazwą Ambeon. Ayreonauts Only jest jedynym albumem Ayreon nie reedytowanym przez InsideOut Music.
W 2004 ukazał się album The Human Equation. Tak jak na Into the Electric Castle, wokaliści biorący udział w nagraniu albumu odgrywali konkretne role. Tym razem obok postaci na albumie pojawiały się również alegorie uczuć takie jak strach czy ból których kwestie również śpiewali wybrani do tego wokaliści. Na tym albumie Arjen w odróżnieniu od poprzednich albumów Ayreon, zdecydował się podjąć inną tematykę niż science fiction, gdyż teksty na The Human Equation poruszają tematy psychologiczne i socjalne.
W 2004 Arjen zakończył współpracę z Transmission Records i przeszedł do InsideOut Music.