Zmiana ta zmusiła Arjena do reedytowania poprzednich albumów Ayreon poddając je małym zmianom (The Universal Migrator wydany jako jeden album dwupłytowy) lub drastycznym obróbkom (Actual Fantasy z dopiskiem "Revisited" to ten sam album z nagranymi ponownie ścieżkami perkusji, gitary basowej, syntezatora i fletu). W 2005 z okazji 10-lecia istnienia projektu Ayreon do reedycji albumu The Final Experiment została dołączona bonusowa płyta z innymi wersjami utworów.
Pod koniec września 2006 kiedy nowe studio Arjena było już wykończone, rozpoczęły się prace nad nowym albumem 01011001 który trafił do sprzedaży 25 stycznia 2008 roku. Album jest zauważalnie mroczniejszy od poprzednich albumów projektu co Arjen uzasadnił depresją spowodowaną niedawnym rozwodem.
25 kwietnia 2008, Arjen wydał nowy minialbum Ayreon nazwany Elected. Minialbum zawiera dwa utwory z albumu 01011001, jeden z The Human Equation oraz cover Alice'a Coopera (Elected), z wokalem Arjena oraz Tobiasa Sammeta.
W 2009 roku pojawił się drugi album kompilacyjny Timeline na którym w porządku chronologicznym znajdują się wybrane utwory z poprzednich albumów Ayreon, oraz jeden wcześniej niepublikowany. W skład albumu wchodzą 3 płyty audio i jedna DVD.