W lutym 1948 doszło do przewrotu, po którym doszło do dalszego ograniczenia autonomii Słowacji oraz KPS, co nie było po myśli Gustava Husáka. Jego kariera załamała się w 1950. W maju tego roku IX Zjazd KPS skrytykował „burżuazyjny nacjonalizm” wśród członków partii, zaś w lutym 1951 Husák i inni główni działacze zostali wydaleni z partii i aresztowani pod zarzutem słowackiego burżuazyjnego nacjonalizmuAndrzej Grajewski, Gustav Husak w: Wojciech Roszkowski, Jan Kofman (red.), Słownik biograficzny Europy Środkowo-Wschodniej XX wieku, Instytut Studiów Politycznych PAN, Warszawa 2004, , s. 463..

Powrót Podczas przesłuchań był torturowany. Kilkukrotnie odwoływał podpisane przez siebie, wymuszone torturami, zeznania. W kwietniu 1954 w procesie burżuazyjnych nacjonalistów został skazany na dożywotnie więzienie. Był jednym z niewielu oskarżonych, którzy nie przyznali się do winy. W 1960 w ramach amnestii wyszedł na wolność, zaś w 1963 doczekał się rehabilitacji i przywrócenia do partii. Podjął pracę naukową w Instytucie Państwa i Prawa Słowackiej Akademii Nauk. W sierpniu 1964 rozgłos przyniosło mu opublikowanie pamiętników z okresu działalności konspiracyjnej, w których bronił ówczesnej koncepcji i strategii KPS.