Gdy władzę w Czechosłowacji objął Alexander Dubček, który rozpoczął program reform, Husák został jednym z jego współpracowników. W kwietniu 1968 objął urząd wicepremiera. Uczestniczył w planach nad opracowaniem programu reformistycznego, jednak latem 1968 był sceptycznie nastawiony do przemian Praskiej Wiosny, popierając interwencję wojsk Układu Warszawskiego 20 sierpnia tegoż roku. Po inwazji na Czechosłowację wziął udział wraz z całym kierownictwem partyjno-państwowym w rozmowach w Moskwie w dniach 23–26 sierpnia 1968. W ich trakcie delegacja czechosłowacka zaakceptowała odwrót od reform Praskiej Wiosny. Gustav Husák zdobył podczas tych rozmów zaufanie Leonida Breżniewa. Istnieje pogląd, według którego Breżniew miał mu obiecać akceptację federalnego modelu Czechosłowacji przez Moskwę.

Dojście do władzy Niedługo po powrocie do kraju wystąpił z bezlitosną krytyką XIV Nadzwyczajnego Zjazdu KPCz (tzw. wysoczańskiego), który wyraził protest przeciwko interwencji armii Układu Warszawskiego i żądał kontynuowania reform. Husák starał się udowodnić, że zjazd nie może uważać się za reprezentatywny, skoro brało w nim udział niecałe 10% delegatów ze Słowacji. Pod koniec sierpnia 1968 został I sekretarzem KC KPS i członkiem Prezydium KC KPCz.