Mimo to zajmowana przez niego dość liberalna pozycja sprawiła, że Kościół odnosił się do niego z nieufnością, a sam Rosmini musiał wyjechać do miejscowości Stresa. W 1849 r. jego dzieło Delle cinque piaghe della Santa Chiesa oraz pismo Costituzione civile secondo la giustizia sociale znalazły się na indeksie ksiąg zakazanych. W 1854 r. Święte Oficjum pozwoliło na swobodny dostęp do jego dzieł, ale w 1887 r., gdy tomizm stał się oficjalną filozofią Kościoła, niektóre zdania wyjęte z dzieł Rosminiego zostały potępione.
Rosmini zmarł w Stresa w 1855 r. po ośmiogodzinnej agonii. Wszystko, co posiadał, zapisał w testamencie zakonnikom z założonego przez siebie Istituto della Carità.
Beatyfikacja Papież Jan Paweł II zrehabilitował go w Encyklice ''Fides et ratio'' (1998 r.), zaliczając go do grona myślicieli, których można „wskazać (...) jako znamienne przykłady pewnego typu refleksji filozoficznej, która wiele zyskała dzięki konfrontacji z prawdami wiary” (Fides et ratio 74). Pozwolił też na rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego, który skończył się na etapie diecezjalnym w Novarze 21 marca 1998 r. Papież Benedykt XVI zezwolił na promulgację dekretu o uznaniu heroiczności cnót Rosminiego, co było kolejnym krokiem do jego beatyfikacji, która dokonana została 18 listopada 2007 w Novarze przez kard.