W barwach PSV wystąpił w 225 meczach ligowych i jeszcze jedynie w sezonie 2001/2002 nie miał pewnego miejsca w składzie, gdy rywalizował z Czarnogórcem Ivicą Kraljem.
W 2004 roku Waterreus przeszedł do Manchesteru City. Tam konkurował z Davidem Jamesem i Geertem De Vliegerem, jednak wskutek kontuzji ani razu nie pojawił się na boiskach Premiership i zimą 2005 został wytransferowany do Rangers F.C. Dotychczasowy pierwszy bramkarz Stefan Klos doznał kontuzji i na jego miejsce wskoczył Waterreus, który także przez sezon 2005/2006 był pierwszym bramkarzem Rangersów. Nie zyskał jednak nigdy sympatii kibiców Rangersów, których skrytykował w jednej z holenderskich gazet.
7 czerwca 2006 Waterreusowi skończył się kontrakt z klubem z Glasgow, ale nie podpisał nowego i na zasadzie wolnego transferu w grudniu przeszedł do AZ Alkmaar. Tam zastąpił kontuzjowanych Joeya Didulicę oraz Khalida Sinouha, a w styczniu 2007 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie został bramkarzem New York Red Bulls.