Atak atomowy w centrum Pekinu był zarzewiem włączenia się Chin do wojny przeciwko GLA. W celu zniszczenia tej organizacji, gracz zostaje oddelegowany do likwidacji jej zdecentralizowanych siatek na terenie kraju, a następnie do większych baz w Kirgistanie oraz Kazachstanie.
GLA pomimo dotkliwych strat, przetrwało i dokonało reorganizacji sił. Z pomocą gracza wyparło Chiny z Kazachstanu, a znajdujący się na terenie tego kraju kosmodrom Bajkonur został wykorzystany do wystrzelenia rakiet w kierunku USA.
USA czując realne zagrożenie ze strony GLA, podejmuje się wojny z terroryzmem na obszarze Bliskiego Wschodu. Zwieńczeniem starań USA jest zniszczenie kwatery głównej GLA w Akmoli w Kazachstanie.
W dodatku Zero Hour, prócz poprawy możliwości silnika graficznego, nowych jednostek i budynków, pojawiły się trzy nowe kampanie – po pięć misji każda – stanowiące kontynuację historii z podstawowej wersji gry.