Po powrocie do swojego hrabstwa Gwidon działał dalej wbrew interesom Filipa. W 1297 r. sprzymierzył się z królem Anglii Edwardem I. W odpowiedzi Filip ogłosił włączenie Flandrii do domeny królewskiej i rozpoczął wojnę. Na północ została wysłana ekspedycja francuska pod wodzą hrabiego Artois Roberta II. 20 sierpnia 1298 r. wojska Gwidona zostały pokonane pod Furnes. Ekspedycja Edwarda na kontynent nie doszła do skutku i angielski monarcha zawarł pokój z Filipem, pozostawiając Gwidona własnemu losowi. W 1299 r. Francuzi ponownie zaatakowali Flandrię i w styczniu 1300 r. wzięli do niewoli Gwidona i jego najstarszego syna, Roberta.
Wkrótce jednak okazało się, że rządy Francuzów są również uciążliwe jak rządy Gwidona. 18 maja 1302 r. tkacze z Brugii pod wodzą Pietera de Konnincka zmasakrowali francuski garnizon (tzw. jutrznia brugijska). Powstanie rozszerzyło się na cały kraj. Wyprawa odwetowa pod wodzą Roberta d’Artois zakończyła się masakrą francuskiego rycerstwa w Bitwie Złotych Ostróg pod Courtrai 11 lipca 1302 r. Gwidon został wówczas uwolniony aby w imieniu Francji wynegocjować pokój. Jego misja nie powiodła się i w 1304 r. Francuzi ponownie zaatakowali Flandrię, niszcząc flotę buntowników pod Zierikzee i wygrywając bitwę lądową pod Mons-en-Pévèle.