Władając królestwem Sycylii Jakub musiał prowadzić ciągłe walki ze zwolennikami Andegawenów, którzy w 1265 przy poparciu papiestwa podbili Królestwo Sycylii oraz południową częścią półwyspu Apenińskiego wraz z Neapolem i nie uznali zajęcia wyspy przez Aragonię w 1282. Karol I Andegaweński, papież Honoriusz IV i król Francji Filip III Śmiały (bratanek Karola I) nie uznali władzy Jakuba II na Sycylii, tym bardziej że było to niezgodne z ostatnią wolą Piotra III, który w testamencie Sycylię zapisał papiestwu, licząc w ten sposób na zdjęcie ekskomuniki. Wkrótce Jakub, jego matka Konstancja, a także dwóch sycylijskich biskupów, którzy dokonali koronacji Jakuba, zostali ekskomunikowani przez papieża, który cały czas uważał Sycylię i Neapol za jedno królestwo, będące lennem papieskim. Wojskowe najazdy na Sycylię organizowane przez papieża, popieranego przez króla Francji Filipa III, spełzły na niczym. 5 czerwca 1284 w bitwie morskiej w Zatoce Neapolitańskiej flota Jakuba pod dowództwem admirała Rogera z Laurii pokonała swych wrogów, a dowodzący flotą Andegawenów Karol Kulawy, syn Karola I, dostał się do niewoli.