Raporty wywiadowcze z 1944 roku wskazują, że jednostki stacjonujące w pobliżu Nankinu i otrzymujące rozkazy od rządu Wanga Jingweia były skuteczniejsze i bardziej zmotywowane niż te, które znajdowały się dalej i były dowodzone przez innych.
Organizacja Standardowa organizacja dywizji Armii Nankińskiej przedstawiała się następująco: 1 kompania sztabowa 3 pułki piechoty (3 bataliony po 3 kompanie każdy) 1 bateria artylerii górskiej 1 kompania saperska 1 jednostka sygnałowa
Jednak struktura ta była rzadko przestrzegana i występowały różnice w liczebności poszczególnych jednostek. Na przykład niektóre jednostki określane jako „armie” liczyły po kilka tysięcy ludzi, podczas gdy inne zwane „dywizjami” liczyły ponad 6000. W praktyce jedynie elitarne dywizje Gwardii w Nankinie faktycznie odzwierciedlały regulaminową strukturę. W Nankinie zbudowano centralną stację radiową, a w okupowanych Chinach utworzono również mniejsze posterunki przekaźnikowe, aby usprawnić komunikację między sztabem generalnym a jednostkami peryferyjnymi. Do stycznia 1943 roku donoszono, że jednostki w Nankinie i okolicach zostały zorganizowane w „Armię Obrony Metropolii” liczącą około 30 000 ludzi, składającą się z trzech dywizji Gwardii.