Został uwolniony w 1397 r., kiedy jego ojciec zapłacił Turkom spory okup.
Książę Burgundii Po śmierci Filipa Śmiałego w 1404 r., Jan został księciem Burgundii jako Jan II. Po śmierci swojej matki w 1405 r., Jan został hrabią Flandrii i Artois oraz hrabią palatynem Burgundii. W tym samym roku przekazał hrabstwo Nevers swojemu młodszemu bratu. W 1407 r. podpisał traktat z Anglią. Był przeciwny kontynuowaniu wojny stuletniej, gdyż nie leżało to w gospodarczych interesach Burgundii. Zaczął też występować jako sojusznik miast i mieszczaństwa, zyskując sobie ich popularność protestami przeciwko nakładaniu większych podatków.
Od początku swoich rządów Jan brał aktywny udział w wydarzeniach we Francji. Królem Francji był psychicznie chory Karol VI. Regencję w jego imieniu sprawował młodszy brat króla, Ludwik I, książę Orleanu. W 1405 r. Jan zbrojnie wkroczył do Paryża. Nie udało mu się jednak uzyskać regencji, ale został mianowany opiekunem delfina i innych dzieci króla.