Wkrótce jednak stosunki między Janem a Ludwikiem jeszcze bardziej się pogorszyły. Stryj książąt, Jan de Berry, próbował nakłonić ich do porozumienia, ale jego wysiłki na niewiele się zdały. 23 listopada 1407 r. książę Orleanu wracający ze spotkania z królową Izabelą został zasztyletowany przez ludzi księcia Burgundii. Jan uzyskał od doktorów Uniwersytetu Paryskiego uzasadnienie swojego czynu jako usprawiedliwionego tyranobójstwa. Kosztowało go to jednak utratę łaski króla. Jan musiał uciekać z Paryża, ale w 1409 r. udało mu się powrócić do łask Karola VI. W traktacie podpisanym w Chartres 9 marca 1409 r. Karol uwalniał księcia Burgundii od odpowiedzialności za morderstwo. Jan i syn zamordowanego Ludwika, książę Karol, zaprzysięgli zgodę. Jan został ponownie mianowany strażnikiem osoby delfina.
Stronnicy zamordowanego księcia Orleanu znaleźli sobie nowego przywódcę w osobie hrabiego d'Armagnac, teścia księcia Karola. Od niego wzięła się nowa nazwa stronnictwa – armaniacy. Konflikt jaki wówczas rozgorzał zakończył się pokojem w 1410 r. Jan powrócił następnie do Burgundii pozostawiając władzę w Paryżu w rękach Armagnaca. Napięte stosunki hrabiego z paryskimi mieszczanami sprawiły, że Jan zdobył miasto w 1411 r., lecz w 1413 r. książę utracił nad nim kontrolę.