Prowadzone przez FBI śledztwo w sprawie okoliczności jej śmierci przez wiele lat nie przyniosło jednoznacznych rezultatów. Wśród rozpatrywanych wariantów brano pod uwagę jej likwidację – jako niewygodnego świadka, lub nawet zdrajcy współpracującego z FBI – przez odczuwających zagrożenie z jej strony innych działaczy AIM lub przypadkowe morderstwo (być może w następstwie gwałtu). Jednak najczęściej powtarzaną przez lata hipotezą było zastrzelenie aktywnej i niepokornej działaczki AIM przez któregoś z agentów FBI lub współpracujących z nimi indiańskich bojówkarzy z rezerwatu Pine Ridge (wariant taki najlepiej tłumaczyłby początkowe „zamieszanie” z ciałem i późniejszy brak zadowalających efektów śledztwa).
Procesy i pogłoski 20 marca 2003 roku o zamordowanie Anny Mae Aquash oskarżono dwóch Indian, byłych członków AIM: bezdomnego Lakotę Arlo Looking Cloud z Denver (który złożył obszerne zeznania z elementami samooskarżenia) i Johna Grahama (znanego też jako John Boy Patton) z Whitehorse w Kanadzie.