8 lutego 2004 roku Arlo Looking Cloud stanął przed sądem federalnym, pięć dni później został uznany winnym morderstwa, a 23 kwietnia skazany na dożywotnie więzienie. Przy braku innych materialnych dowodów, sąd przyjął za wiarygodne jego nagrane na wideo (a złożone pod wpływem alkoholu) zeznania, z których wynika, iż był na miejscu zbrodni (choć – jak twierdzi – nie wiedział, że Anna Mae ma zostać zabita). Nagrania dokonali 27 marca 2003 roku dwaj zajmujący się sprawą od lat funkcjonariusze: detektyw Abe Alonzo z policji w Denver i agent federalnego Biura do spraw Indian Robert Ecoffey. Looking Cloud, który do czasu procesu utrzymywał, że morderczy strzał oddał Graham, odwołał następnie swoje zeznania i złożył apelację od wyroku skazującego.
Istotne dla wyjaśnienia okoliczności śmierci Anny Mae zeznania złożyła podczas procesu m.in. Kamook Nichols Banks, w latach 70. żona Dennisa Banksa, a ostatnio życiowa partnerka Roberta Ecoffeya. Z jej zeznań – obciążających ówczesnych przywódców AIM (w tym Dennisa Banksa i Leonarda Peltiera) oraz ich prawników – wynika, iż od lat ukrywają oni pewną wiedzę na temat przyczyn i okoliczności zamordowania Anny Mae, a możliwe iż sami byli jej zleceniodawcami.