Początek jego procesu wyznaczono początkowo na luty 2010, a po rozstrzygnięciu szeregu zawiłości prawnych (związanych m.in. z tym, że zarówno oskarżony, jak i ofiara to Indianie kanadyjscy, a nie amerykańscy) do rozprawy doszło ostatecznie w grudniu 2010 nie przed sądem federalnym, lecz przed sądem stanowym Dakoty Pd. Po trwającym zaledwie 8 dni procesie (podczas którego obrońca Grahama postanowił nie powoływać żadnych świadków) 12 grudnia 2010 ława przysięgłych uznała Johna Grahama za winnego zabójstwa Anny Mae Aquash, oddalając zarazem zarzut morderstwa z premedytacją. Za zabójstwo w Dakocie Pd. grozi bezwarunkowa kara dożywotniego więzienia.
Kwestia winy lub niewinności Grahama podzieliła dawnych przywódców AIM. Niektórzy – jak John Trudell i Russell Means – uważają, iż mógł pociągnąć za spust „na zlecenie”, inni podejrzewają, iż Graham jest raczej wygodnym dla władz kozłem ofiarnym. Uwięziony od ponad 30 lat przyjaciel Anny Mae Leonard Peltier (sam przedstawiony w niekorzystnym świetle w zeznaniach Nichols Banks) odcina się od jakichkolwiek związków z Komitetem Obrony Johna Grahama. O winie Grahama przekonana jest też jedna z córek zamordowanej działaczki, Denise Maloney Pictou (działaczka kobiecej grupy Indigenous Women for Justice).