Według umowy z Boguszą, Krzyżacy na dwa lata mieli otrzymać do dyspozycji połowę grodu gdańskiego, lecz wobec dobrowolnego ustąpienia Brandenburczyków ich obecność w Gdańsku stała się zbędna. Mimo to pozostali na grodzie i zajęli go w całości, usuwając polską załogę do miasta. Po zajęciu Gdańska, Krzyżacy dokonali w nim rzezi swych przeciwników. Potwierdzają to zarówno archeologiczne ślady zniszczeńJednolita warstwa zgliszczy z początków XIV w., a także odnalezione szkielety (Paweł Jasienica: Polska Piastów. Wrocław: Ossolineum, 1960, s. 275)., jak i relacje przedstawicieli duchowieństwaWymowne były późniejsze zeznania opata klasztoru oliwskiego, że spowiadał mordowanych na terenie kościołów – „o ile mu na to pozwalano” (Henryk Samsonowicz: Krzyżacy. Warszawa: Omnipress, 1988, s. 41n.). Ofiarą masakry padli przede wszystkim rycerze polscy, wśród których znaleźli się także członkowie dotychczasowej załogi grodu wraz z rodzinami oraz część mieszczan. Pozostałych mieszczan miasta lokacyjnego wypędzono, a samo miasto spalonoHistoria Gdańska (pod red. Edmunda Cieślaka), tom I – do roku 1454, Gdańsk 1985, s. 323-324.