Pochodowi towarzyszyli kontrmanifestanci. Przy Barbakanie pochód uczestników Marszu Tolerancji przywitali obraźliwymi okrzykami ogoleni na łyso młodzi ludzie: Pederaści, lesby, geje, cała polska z was się śmieje. Niektórzy rzucali w tłum petardami i jajkami. W odpowiedzi uczestnicy marszu skandowali do nich: Kochamy was, Chodźcie z nami, Tu jest Polska, Homofobia da się leczyć. Dzięki zdecydowanej interwencji policji udało się odizolować agresywnych kontrmanifestantów.
Gdy Marsz Tolerancji dotarł na Rynek, jego uczestnicy wypuścili w górę kilkaset kolorowych baloników. Wówczas w stronę uczestników marszu oraz ochraniającej ich policji poleciały jajka i butelki rzucane przez kontrmanifestantów. Jednocześnie grupy przeciwników skandowały obraźliwe hasła: Kto nie skacze jest pedałem, podskakując przy tym w górę, zaś działacze NOPu skandowali: Każdy to powie, nie chcemy gejów w Krakowie, a także próbowali przedrzeć się przez kordon policji ochraniający uczestników parady, doszło do przepychanek z policją.
Marsz zakończył się po godzinie 13. Uczestnicy spokojnie rozeszli się do domów.