Zygmunt, który był katolikiem, nie wzbudzał w protestanckiej Szwecji sympatii, a jego plany przywrócenia katolicyzmu powodowały, że miał tam wielu wrogów. Do pierwszej scysji doszło już w lutym 1594 roku podczas sejmu koronacyjnego, kiedy to Zygmunt domagał się uchwalenia wolności nabożeństw dla katolików. Odmówiono mu tego stanowczo, a nawet zagrożono utratą praw dziedzicznych do korony szwedzkiej. By tych praw nie utracić, Zygmunt potwierdził wolność wyznania luterańskiego. Koronacja, której dokonał duchowny protestancki, odbyła się 20 lutego 1594 roku. Przed odpłynięciem do Polski Zygmunt przekazał rządy Radzie Królestwa i swemu stryjowi księciu Karolowi Sudermańskiemu. Już w rok później zwołany został riksdag, który nadał Karolowi Sudermańskiemu tytuł naczelnika Królestwa. Ten, wykorzystując poparcie niższych warstw społecznych, zaczął powiększać swoją władzę. Doszło do tego, że w 1597 roku jego oponenci i zwolennicy Zygmunta musieli uciekać do Polski. Interwencja Zygmunta była w tych warunkach nieunikniona.