Flota z królem Zygmuntem wypłynęła z Helu 5 sierpnia 1598 roku i po czterech dniach dotarła do Kalmaru, który poddał się Zygmuntowi. Po pokonaniu Karola pod Stegeborgiem król wdał się w niepotrzebne pertraktacje ze swym stryjem. Karol wykorzystał ofiarowany mu czas, odbudował swe siły i 25 września pobił Zygmunta pod Linköping. Pokonany Zygmunt 30 października wrócił do Gdańska, jednak nigdy nie wyrzekł się swego tytułu króla Szwedów, Gotów i Wenedów.
mały|Zygmunt III Waza W lipcu 1599 roku riksdag zdetronizował Zygmunta Wazę, natomiast uznał za następcę tronu jego syna Władysława. Postawiono jednak warunek, by 4-letni wówczas królewicz w ciągu sześciu miesięcy przybył do Szwecji, gdzie miał zostać wychowany w wierze luterańskiej. Dla Zygmunta był to oczywiście warunek nie do przyjęcia. Chcąc wciągnąć w swój spór dynastyczny całą Rzeczpospolitą, na sejmie 12 marca 1600 roku król Polski ogłosił przyłączenie Estonii do Rzeczypospolitej. Między Polską i Litwą a Szwecją zaczynała się długa seria wojen, w której sprawy dynastyczne pomieszane były z interesami gospodarczymi, politycznymi oraz ze sporami natury religijnej.