Ustawą z dnia 7 lutego 2008 w sprawie nadania nowych nazw niektórym akademiom rolniczym (Dz. U. nr 52, poz. 300 z dn. 27 marca 2008 r.) 11 kwietnia 2008 uczelnia uzyskała status Uniwersytetu Rolniczego im. Hugona Kołłątaja w Krakowie. Jednocześnie od 11 kwietnia 2008 obowiązuje nowy wzór herbu, chorągwi i pieczęci zatwierdzony uchwałą Senatu AR nr 26/2008 z dn. 20 marca 2008 r.
1 września 2024 r. na bazie Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR powstał ósmy wydział uczelni - Medycyny Weterynaryjnej.
Wydziały thumb|Budynek Wydziału Technologii Żywności thumb|Budynek Wydziału Hodowli i Biologii Zwierzątal. Mickiewicza 24-28 Obecnie Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie posiada następujące wydziały i kierunki studiów: Biotechnologii i Ogrodnictwa Ogrodnictwo Biotechnologia Sztuka ogrodowa Technologia roślin leczniczych i prozdrowotnych Bioinformatyka i analiza danych Hodowli i Biologii Zwierząt Zootechnika Biologia Bioinżynieria zwierząt Etologia i psychologia zwierząt Inżynierii Środowiska i Geodezji Inżynieria środowiska Inżynieria i gospodarka wodna Geodezja i kartografia Architektura krajobrazu Gospodarka przestrzenna Inżynierii Produkcji i Energetyki Inżynieria mechatroniczna Odnawialne źródła energii i gospodarka odpadami Zarządzanie i inżynieria produkcji Transport i