W początkowym okresie istnienia niepodległej republiki trwał konflikt między zwolennikami federacji a jej przeciwnikami, a więc między ruchem liberalnym i konserwatywnym. Słabość kolejnych rządów i stałe kryzysy ekonomiczne doprowadziły do uzależnienia się państwa od Wielkiej Brytanii, która w latach 50. XIX wieku okupowała honduraskie Wyspy Zatokowe. Honduras osłabiony został również przez konflikty graniczne z Gwatemalą oraz Nikaraguą. W okresie rządów Marco Aurelio Soto w latach 1876–1883 miały miejsce reformy w duchu liberalizmu, wprowadzono wówczas reformy gospodarcze, nową konstytucję oraz dokonano sekularyzacji własności Kościoła. Dalszej modernizacji dokonał liberalny prezydent Manuel Bonilla rządzący na początku XX wieku. W 1902 roku z inicjatywy prezydenta Bonilli doszło do rozłamu w Partii Liberalnej i utworzenia ruchu manuelistowskiego będącego prekursorem Partii Narodowej uformowanej w 1916 roku. Od początku XX wieku nasilał się wpływ koncernów amerykańskich, które opanowały eksport bananów i hodowlę zwierząt. Stany Zjednoczone kilkakrotnie interweniowały zbrojnie w obronie swych interesów – w latach 1905–1915 armia amerykańska w obronie wpływów gospodarczych dokonała rozbicia antyrządowych manifestacji i strajków chłopskich.