prezydenta został mianowany przewodniczący parlamentu Roberto Micheletti. ONZ wyraził silne poparcie dla krajowych instytucji demokratycznych i potępił aresztowanie konstytucyjnego prezydenta. 29 czerwca 2009 odbyło się specjalne posiedzenie Zgromadzenia Ogólnego ONZ, poświęcone wydarzeniom w Hondurasie. 30 czerwca Zgromadzenie Ogólne ONZ przyjęło rezolucję wzywającą do przywrócenia na stanowisko prezydenta Zelayi. Rezolucja wzywała wszystkie państwa członkowskie ONZ do nieuznawania innego rządu niż prezydenta Zelayi. Również Organizacja Państw Amerykańskich na specjalnym szczycie potępiła zamach stanu. Zamach doprowadził do pogorszenia się relacji Hondurasu z pozostałymi krajami Ameryki Łacińskiej a szczególnie z Nikaraguą i Wenezuelą, rząd tymczasowy z prezydentem Roberto Michelettim oskarżył nawet Nikaraguę o chęć dokonania inwazji na Honduras. Po zamachu stanu odbyły się wybory prezydenckie w których zwyciężył Porfirio Lobo Sosa, w wyborach udziału nie wziął obalony prezydent który zmuszony został do wyjazdu z kraju. Zwolennicy obalonego prezydenta skupili się w lewicowej partii LIBRE która stała się główną siłą opozycji.