Od 2001 roku ponowne rządy prawicy pod przewodnictwem Ricardo Maduro, okres ten naznaczony był narastająca falą przemocy dokonywanej przez gangi uliczne maras.
W 2006 roku wybory wygrał Manuel Zelaya z Partii Liberalnej. Manuel Zelaya zdobył 49,9% głosów poparcia i pokonał Porfirio Lobo Sosę z Partii Narodowej Hondurasu (46,2% głosów)REPUBLIC OF HONDURAS. PRESIDENTIAL ELECTION OF 27 NOVEMBER 2005.„Opposition leads in Honduran poll”, BBC News, 28 listopada 2005.. Porfirio Lobo Sosa uznał zwycięstwo Zelayi dopiero po 10 dniach, zarzucając wcześniej komisji wyborczej błędy przy zliczaniu głosów„Concession brings Honduras result”, BBC News, 8 grudnia 2005.. W marcu 2008 roku po tym jak USA wstrzymały import honduraskich melonów doszło do scysji między Hondurasem i USA. Prezydent uznał spór za natury politycznej i określił go mianem zemsty za nawiązanie przez Honduras bliższych relacji z Wenezuelą Hugona Cháveza„Polityczne melony”, Honduras- Podróż na Południe, 28 marca 2008.. W sierpniu 2008 Honduras zgodził się uczestniczyć w porozumieniu gospodarczym ALBA, Internacjonalista, 26 sierpnia 2008.. W czerwcu 2009 roku doszło do zamachu stanu w trakcie którego prezydent został aresztowany przez armię i przewieziony do Kostaryki. Władzę w kraju objął rząd tymczasowy, p.o.