Według legendy Naikū zostało zbudowane przez Yamatohime-no-mikoto. Chramy są wymienione w kronikach Kojiki i Nihon-shoki (pisanych najprawdopodobniej w latach 712 i 720). Zgodnie z tradycją, chramy są rozbierane i odtwarzane poprzez użycie nowych materiałów (drewna) co 20 lat. Obecne budynki zostały wzniesione w 2013 roku, co było ich 62. odtworzeniem. Kolejne planowane jest na rok 2033. Wówczas święte przedmioty są przenoszone do nowo wybudowanego głównego pawilonu. Ceremonia ta nazywa się Shikinen Sengūsai. thumb|240px|Mishine-no-mikura
Wygląd chramu Ise pochodzi z okresu przed adaptacją wpływów buddyjskich i chińskich w architekturze Japonii. Zachowują więc pierwotny, pozbawiony późniejszych, obcych wpływów styl. Zbudowane są z drewna. Charakterystyczne dla ich stylu architektonicznego są belki dachów wystające ponad ich szczyty, zwłaszcza te skrajne, wyglądające z daleka jak rogi, a także osadzenie całej konstrukcji na palach, z podłogą wzniesioną ponad poziom gruntu, co nasuwa skojarzenia z architekturą Polinezji.