Przed wyprawą Yamatohime-no-mikoto ośrodek kultu Amaterasu-ōmikami znajdował się w pałacu cesarskim w Yamato, następnie tymczasowo przeniesiono go w rejon Nara.
Najwyżsi kapłani i kapłanki Od końca VII w. aż po XIV w. funkcję najwyższej kapłanki chramu Ise pełniły kobiety wywodzące się z japońskiej rodziny cesarskiej, znane jako saiō. Według antologii Man'yōshū ("Dziesięć tysięcy liści"), pierwszą saiō służącą w chramie była Okunohime-miko, córka cesarza Tenmu w okresie Asuka. Wzmianki o niej jako kapłance znajdują się też w Genji-monogatari (w rozdziałach "Aoi", "Sakaki" i "Yugao") oraz w 69. rozdziale Ise-monogatari. System saiō zakończył się podczas rozruchów w okresie Namboku-chō (1336–1392).
Naikū – chram wewnętrzny Oficjalna nazwa głównego chramu Naikū brzmi Kōtai-jingū. Jest ona miejscem kultu bogini Amaterasu. Teren Naikū składa się z różnych budowli, w tym niżej wymienionych.
Most Uji Drewniany most, zbudowany w tradycyjnym japońskim stylu, stoi przed wejściem do Naikū, umożliwiając przejście stumetrowego odcinka ponad nurtem rzeki Isuzu. Podobnie jak budynek chramu, jest również rozbierany co 20 lat i stawiany na nowo.