Twórczość Jan ze Słupcy głównie kopiował dzieła ojców kościoła m.in. dzieła św. Tomasza z Akwinu (I część Summy Teologicznej), Piotra z Tarantazji, Jana z Damaszku, Grzegorza Wielkiego, św. Augustyna, Bernarda z Clairvaux oraz późniejszych komentatorów Arystotelesa z XIV wieku. Do dziś zachowały się jego komentarze do Metafizyki Arystotelesa, oraz De coelo et mundo, De Sensu et sensato, De memoria et reminiscentia i De Somno et wigilia. Prowadził badania nad "Księgi Genesis", zostawiając, posługując się listami św. Hieronima, warianty nieautoryzowanych przekładów greckich Biblii. Pisywał również kazania m.in. o św. Wojciechu i o św. Stanisławie i kazania niedzielne.
Wszystkie dzieła obce, które przepisywał opatrywał obszernym kolofonem, podając datę ukończenia przepisania, tytuł dzieła i autora. Swoje zbiory ksiąg rękopiśmiennych zapisał lub darował Uniwersytetowi KrakowskiemuPotwierdzające notatki bibliotekarzy na oprawach z 1494 r. Kodeksów Biblioteki Jagiellońskiej.
Jan ze Słupcy zmarł w Krakowie 2 sierpnia 1488 roku. Na jego grobowcu w katedrze św. Stanisława i św. Wacława w Krakowie wyryto napis: Roku Pańskiego 1488 drugiego sierpnia zmarł szanowany i znamienity magister nauk wyzwolonych, Jan ze Słupcy, profesor fr. teologii i kanonik krakowski, tutaj pod tym kamieniem spoczywa.