W XVIII wieku Krapkowice podlegały inspekcji podatkowej w Prudniku. Po trzech wojnach śląskich (1740–1763) miasto znalazło się wraz ze znaczną częścią Śląska w granicach Królestwa Prus. W 1762 wygasł ród Redernów, nowym właścicielem Krapkowic został Karol Wilhelm von Haugwitz.
W 1781 roku w miejscowości mieszkało 985 mieszkańców z czego 975 było chrześcijanami, a 10 żydami. W 1819 roku: 892 katolików, 129 ewangelików oraz 33 żydów; w 1831 roku: 1296 katolików, 238 ewangelików oraz 71 żydów. W 1861 roku z ogólnej sumy mieszkańców wynoszącej 1605 osób – 1067 mówiło po polsku, a 538 po niemiecku. Topograficzny opis Górnego Śląska z 1865 roku notuje, że w roku 1861 w mieście mieszkało 2352 mieszkańców z czego 683 mówiło po polsku, a 1669 po niemiecku. Z kolei inne źródła stwierdzają, iż na początku XIX w. w Krapkowicach dominował język polski.
W 1806 Krapkowice zostały zajęte przez wojska Napoleona Bonapartego.
Miasto zostało zniszczone w wyniku trzech pożarów w 1841, 1852 i 1854. Zostało rozbudowane dzięki środkom płaconym Prusom przez Francję jako kontrybucje wojenne. W 1887 wybudowano kolejny most na Odrze.
W 1896 otwarta została stacja kolejowa Krapkowice na linii Gogolin – Prudnik. Powstały również zakłady przemysłowe (papiernie).