Wilhelm Sauer (ur. 23 marca 1831 w Schönbeck, zm. 9 kwietnia 1916 we Frankfurcie nad Odrą) – niemiecki organmistrz czasów romantyzmu i późnego romantyzmu.
Życiorys Wilhelm Sauer wraz ze swoimi współpracownikami zbudował ponad 1100 organów, z których największe i najsłynniejsze znajdują się m.in. w berlińskiej katedrze (1903, IV/113), w kościele św. Tomasza (1888/1908, III/88) w Lipsku, a także w Hali Miejskiej w Görlitz (1910, IV/72).
Największe swego czasu organy świata we wrocławskiej Hali Stulecia (1913, V/200) nie zachowały się w swojej pierwotnej formie. Znaczna część tego instrumentu znajduje się dziś we wrocławskiej katedrze. Znakomicie zachowane organy firmy Wilhelma Sauera znajdują się również w płockiej bazylice, kościele pw. Przemienienia Pańskiego w Drezdenku, kościele parafialnym pw. św. Szczepana w Rożyńsku Wielkim koło Ełku (organy mechaniczne), kościele św. Trójcy w zachodniopomorskim Czaplinku, a także w kościele MB w WitnicyZa gminną tablicą informacyjną przy stacji kolejowej w Witnicy..
Drugą żoną Wilhelma Sauera była Anna, z domu Bauer (18 stycznia 1848–11 sierpnia 1924), córka właściciela browaru i rajcy miejskiego z Poczdamu.
Nagrobek Wilhelma Sauera znajduje się na terenie dawnego cmentarza w Kleistpark we Frankfurcie nad Odrą.