12 marca 1920 roku został mianowany proboszczem słupeckiej parafii św. Wawrzyńca. Podjął tam starania o wzniesienie budynku szkoły. Budowę rozpoczęto w 1922 roku. Wschodnie skrzydło, do którego przeniesiono szkołę podstawową, ukończono w 1924 roku, natomiast skrzydło zachodnie, do którego decyzją Kuratorium Okręgu Szkolnego Łódzkiego przeniesiono seminarium nauczycielskie z Liskowa, oddano do użytku w 1925 roku. Budynek do dziś pełni swoją pierwotną funkcję – znajdują się w nim Szkoła Podstawowa nr 1 im. Komisji Edukacji Narodowej oraz słupeckie Liceum Ogólnokształcące.
Ks. prałat Franciszek Szczygłowski należał także do Rady Szkoły, Rady Powiatowej i do „Dozoru Szkolnego” miasta Słupcy. Ks. F. Szczygłowski z grupą mieszkańców Słupcy powołali Koło Polskiej Macierzy Szkolnej. Dzięki staraniom członków koła powstała w 1925 r. Koedukacyjna Szkoła Handlowa Polskiej Macierzy Szkolnej w Słupcy.