W klubie Atlanta nie pograł długo i w 1948 roku wrócił do klubu Huracán, w którym zaczynał swą zawodową karierę. Jednak wkrótce trener Millonarios Carlos Cacho Aldabe odwiedził Pedernerę w Buenos Aires i przekonał go, by przyjechał do stolicy Kolumbii Bogoty. Pedernera zgodził się i 8 czerwca 1949 roku stał się zawodnikiem klubu Millonarios. Do Bogoty przybył 10 czerwca, witany na lotnisku Aeropuerto de Techo przez 5000 kibiców przywiezionych na tę okazję 200 samochodami i 25 autobusami.
Millonarios Pedernera zamieszkał w północnej części Bogoty. Swój pierwszy mecz w barwach nowego klubu 11 czerwca 1949 roku przeciwko Club Atlético Municipal (obecnie Atlético Nacional Medellín), w którym Millonarios rozgromił rywala 6:0, przesiedział na ławce rezerwowych. Na boisko wybiegł po raz pierwszy dopiero 25 czerwca i wziął udział w pokonaniu drużyny Club Deportes Caldas 3:0. Prasa w Bogocie przyjęła występ Pedernery entuzjastycznie, określając go mianem fenomenu, artysty, chwaląc inteligencję i prorokując, że jego występy w Millionarios sprawią, że wszystko stanie się możliwe.