W roku 1949 Pedernera wspólnie z Alfredo Di Stéfano i Pipo Rossim zdobyli dla Millonarios mistrzostwo Kolumbii. Według relacji Alfredo di Stefano drużyna stosowała strategię, którą nazwał "5 i taniec", co oznaczało, że po zdobyciu pięciobramkowego prowadzenia drużyna nie starała się już upokarzać przeciwnika dalszymi golami, lecz ograniczała się jedynie do wymiany piłki w polu. Strategia ta znalazła zastosowanie w dziewięciu kolejnych zwycięstwach. W rozgrywce o tytuł mistrza Kolumbii Pedernera zdobył dwie decydujące bramki w dwóch następujących po sobie meczach z drużyną Deportivo Cali.

Kariera trenerska Gdy w 1950 roku dotychczasowy trener Millonarios Cacho Aldabe zrezygnował z posady, jego miejsce zajął Pedernera. Pod jego trenerską pieczą znaleźli się tacy gracze jak Julio Cozzi, Antonio Báez, Julio César Ramírez, Reinaldo Mourín, Ramón Villaverde oraz Hugo Reyes. Pierwszy sezon nie był dla niego zbyt udany, gdyż mistrzem Kolumbii został klub Deportes Caldas Manizales.