Jednak następne trzy sezony (1951, 1952 i 1953) zakończyły się dla prowadzonego przez Pedernerę Millonarios mistrzostwem Kolumbii.
Pod przywództwem Pedernery Millonarios pokonał tak silne zespoły jak Huracán Buenos Aires, Bolívar La Paz, Rapid Wiedeń czy nawet jego dawny klub, River Plate Buenos Aires, który w 1952 i 1953 roku zdobył mistrzostwo Argentyny.
W marcu 1952 roku, gdy Pedernera miał 33 lata, towarzyszył klubowi Millonarios w jego wojażu po Europie. Podczas tej podróży jego podopieczni pokonali na Estadio Chamartín (dzisiaj Estadio Bernabeu) Real Madryt 4:2. Gdy Hiszpanie chcieli się zrewanżować, przegrali z Millonarios jeszcze dwukrotnie.
W 1954 roku, gdy zakończone zostały spory w argentyńskim futbolu, które doprowadziły do emigracji najlepszych piłkarzy, Pedernera mógł wrócić do ojczyzny i przed ostatecznym zakończeniem kariery zagrać w swym pierwszym klubie - Huracán.
Ostatnie lata W roku 1993 Pedernera opublikował swoją biografię pod tytułem "El fútbol que viví ... y que yo siento", w której napisaniu pomógł mu dziennikarz Alejandro Yebra.
W 1994 roku Pedernera spotkał się ze swymi długoletnimi przyjaciółmi Alfredo Di Stéfano i El Pipo Rossi w Bogocie podczas uroczystości Féria Internacional del Libro.