W latach 90. Santa Cruz trzykrotnie zdobyła mistrzostwo stanu (1990, 1993 i 1995), aczkolwiek występy w ogólnobrazylijskiej drugiej lidze przyćmiewały sukcesy ligowe na poziomie stanu Pernambuco.
Ponadto w latach 1995–2000 Santa Cruz musiała znieść szczególne upokorzenie, gdy jej główny derbowy rywal klub Sport Recife pięć razy z rzędu zdobył tytuł mistrza stanu Pernambuco.
W 1996 roku piłkarz Santa Cruz Maurício z 13 golami został królem strzelców drugiej ligi brazylijskiej.
Najwybitniejsi gracze klubu Santa Cruz Zé Bonfim – pierwsza gwiazda w historii klubu Santa Cruz. Tará – dwukrotny król strzelców mistrzostw stanu Pernambuco (1938 – 25 goli i 1940 – 20 goli) Givanildo, Fumanchu, Levir Culpi, Nunes, Carlos Alberto i Ramón – czołowi gracze znakomitej drużyny z lat 70. Ramón strzelając 21 goli w 1973 roku został królem strzelców mistrzostw Brazylii. Birigui – przez 10 lat główny bramkarz klubu Santa Cruz, dwukrotny mistrz stanu Pernambuco w 1986 i 1987 roku. Zé do Carmo – czołowy gracz klubu w latach 80. i na początku lat 90. Rivaldo w roku 1989 w barwach Santa Cruz zaczynał profesjonalną karierę w lidze juniorskiej Ricardo Rocha, mistrz świata z 1994 roku zaczynał karierę w klubie Santa Cruz Nilson – bramkarz, który zyskał ogromną popularność wśród kibiców klubu w późnych latach 90.