Przywołał go z powrotem Ludwik XVI, który przywrócił parlamenty (co zazwyczaj historycy oceniają negatywnie) i uczynił Malesherbesa Ministrem Domu Królewskiego (ministre de la maison du roi) w roku 1775.
W roku 1776 zastąpił go na stanowisku Anne-Robert-Jacques Turgot. Malesherbes poświęcił ten wolny okres na podróże do Holandii, Szwajcarii i Niemiec. Podjął się następnie próby wpłynięcia na prawników królestwa by zaczęto uznawać małżeństwa zawarte w obrządku protestanckim. W sporze, jaki przyrodnik Georges-Louis Leclerc, hrabia de Buffon wiódł z botanikami, wziął stronę tych ostatnich. Malesherbes miał wykształcenie przyrodnicze, od roku 1750 należał do Academie des sciences, został również członkiem Akademii Francuskiej.
W roku 1787 jeszcze przez kilka miesięcy sprawował urząd publiczny. Niespokojne lata poprzedzające rewolucję chciał przebyć w swym pałacyku.
1792–1794 kaźń W grudniu 1792 roku dobrowolnie wrócił do Paryża, by wraz z dwoma innymi adwokatami (François Tronchet, Raymond Desèze) bronić króla przed Konwentem Narodowym. Skazanie króla było dlań bolesnym ciosem.