Już w latach 30. XII w. Kołobrzeg znalazł się pod zwierzchnictwem cesarstwa. W latach 1187–1227, gdy w Polsce powiększało się rozbicie dzielnicowe, Pomorze z Kołobrzegiem znalazło się pod władzą Duńczyków. Związani z nim więzami krwi książęta zachodniopomorscy powoli odzyskali niezależność. 23 maja 1255 książę Warcisław III i biskup kamieński Hermann von Gleichen lokowali nowe miasto na prawie lubeckim, zwolnione przez pięć lat z płacenia wszelkich należności. Miasto miało też 100 łanów ziemi uprawnej, kołobrzeski las oraz prawo połowu ryb w morzu pomiędzy ujściami Regi i Parsęty. Powstało ono bliżej wybrzeża. Opuszczono dawny gród, który w pamięci potomnych zachował się jako Stare Miasto (niem. Altstadt). Znajdują się tam m.in. pozostałości kilku kościołów: katedry biskupa Reinberna, kościoła św. Ottona, kaplicy św. Piotra czy klasztoru benedyktynek. Pamiątką po dawnych czasach pozostał kościółek św. Jana Chrzciciela, wymieniany w kronikach już w 1222 W średniowieczu do miasta przybywali liczni osadnicy, zwłaszcza z Niemiec – m.in. z Lubeki i Gryfii. Na przełomie XIII i XIV w. Kołobrzeg był już silnym miastem hanzeatyckim. Wkrótce został otoczony murami i fosą, stając się ważnym ośrodkiem handlowym i gospodarczym. Równocześnie powoli znikał jego słowiański charakter, ustępując żywiołowi niemieckiemu. W XVI w.