władze miejskie zakazały m.in. przyjmować do cechów rzemieślników z Polski.

thumb|Upadek Kołobrzegu w 1761

W połowie XVII w. nadbałtyckie potęgi Szwecja i Brandenburgia zaczęły przygotowywać się do walki z Austrią o panowanie w Starej Rzeszy. Jak się wkrótce okazało, teren Pomorza Zachodniego stał się areną przemarszów wojsk, a także działań wojennych. W okresie wojny trzydziestoletniej (1618–1648) Kołobrzeg opanowały wojska szwedzkie. Opuściły miasto dopiero w 1653, odstępując na drodze układów Brandenburgii. Wcześniej towarzysząca wojsku epidemia spowodowała śmierć ponad 3,5 tys. mieszkańców. W tym czasie miasto nad Parsętą zdominowane było przez niemiecki patrycjat. W drugiej połowie XVII w. Kołobrzeg otoczono potężnymi umocnieniami ziemnymi, ufortyfikowano nawet latarnie morskie. Miasto stało się jedną z najsilniejszych twierdz regionu. W 1701 rada miasta przysięgła wierność królowi pruskiemu, a nad starym gotyckim ratuszem zawisł sztandar z orłem dwugłowym. W granicach Prus, a potem Niemiec Kołobrzeg pozostał aż do 1945. Zerwanie stosunków z Polską oznaczało jednak dla mieszkańców miasta kryzys gospodarczy.