Podczas wielkiej wojny shinobi i walk, jakie za sobą toczyła Konoha i Amegakure – Hanzō, przywódca Wioski Deszczu w uznaniu za waleczność na polu bitwy przyznał trzem, młodym wówczas shinobi (Orochimaru, Tsunade, Jiraiya) tytuł trójki sanninów z Konohy.
Wygnanie Gdy doszło do wyboru osoby na stanowisko Czwartego Hokage, nienawiść Orochimaru do swojej wioski (która narodziła się po stracie rodziców) spotęgowała się, gdyż na tę posadę zamiast niego, Hiruzen Sarutobi postanawia wybrać młodego ucznia Jirayi – Minato Namikaze. Zaczyna potajemnie prowadzić eksperymenty, wykorzystując do tego shinobi z wioski, próbuje stworzyć technikę dającą mu nieśmiertelność. Gdy z wioski zaczynają znikać kolejni ninja, Sarutobi wraz z członkami ANBU wkraczają do kryjówki Orochimaru, który przyznaje się do zbrodni i ucieka. Trzeci nie potrafi go zatrzymać z powodu sentymentu jaki czuł do swego byłego ucznia. Sannin opuszcza wioskę. Próbuje go zatrzymać Jiraiya, jednak i jemu się nie udaje.