Ten doprowadzony do ostateczności używa techniki pieczętującej – Shiki Fūjin, przyzywając samego Shinigami (Boga Śmierci). Z braku chakry i podeszłego wieku udaje mu się zapieczętować jedynie ręce swego byłego ucznia oraz dusze I i II Hokage. Przypłaca to swym życiem. Orochimaru niezdolny Orochimaru i jego kobiecy „pojemnik” odtąd do wykonania żadnej techniki ucieka przy pomocy Czwórki Dźwięku. Plan zniszczenia Konohy nie kończy się sukcesem, dodatkowo następstwa techniki Sarutobiego pozbawiają sannina swych technik, powodując przy tym niewyobrażalny ból.
Po ataku na Konohę Razem z Kabuto znajdują oni Tsunade, która jako mistrzyni w leczeniu jest w stanie uleczyć jego ręce. W zamian proponuje wskrzeszenie jej ukochanego oraz brata, którzy zginęli podczas wojen ninja. Ta ostatecznie nie zgadza się i dochodzi do walki między nią a Kabuto. Później z pomocą przychodzą jej Naruto Uzumaki, sparaliżowany Jiraiya i Shizune. Po długiej potyczce Orochimaru wraz ze swym sługą zmuszeni są do odwrotu. Wężowy sannin postanawia użyć techniki transmigracji na Sasuke, jednak musi czekać, aż Czwórka Dźwięku go sprowadzi do jego kryjówki. Nawet ostatnie poświęcenie Kimimaro nie przynosi skutku i nie udaje się sprowadzić młodego Uchichy na czas.